Las patologías abordadas dentro de este área son diversas, si bien algunas de las más frecuentes en la edad pediátrica son la alergia/intolerancia a proteínas de leche de vaca, el estudio del niño con bajo peso, el reflujo gastroestofágico, la enfermedad celíaca, la enfermedad inflamatoria intestinal, la patología hepatobiliar, dolor abdominal crónico o estreñimiento.

En algunos de estos procesos es necesario la realización de procedimientos diagnósticos, que se llevan a cabo en colaboración con el servicio de gastroenterología de adultos, como la endoscopia digestiva alta o la colonoscopia.