Jefe de la Unidad de Otorrinolaringología
Facultativo especialista de Área en el Hospital Universitario Miguel Servert de Zaragoza de 1998 hasta el 2001, realizando todo tipo de intervenciones quirúrgicas y actividad asistencial y docente.

Formación continuada en cirugía otológica en el Instituto de otología Dr. García Ibarzo, siendo instructor en los cursos que realiza de disección de hueso temporal para médicos residentes y otorrrinolaringólogos hasta el año 1992.

Director del programa de detección precoz de la hipoacusia en los recién nacidos en el Hospital Quirónsalud de Zaragoza.

Durante estos años el Dr. Alfaro ha introducido en la comunidad aragonesa técnicas pioneras como la cirugía endoscópica de laringe con laser CO2, la cirugía endoscópica nasosinusal motorizada, y ha colocado las primeras prótesis auditivas semiimplantadas de oído externo.

También introduce la Posturografía Dinámica Computerizada que, con ayuda del Posturógrafo, diagnostica y trata el vértigo y la inestabilidad obteniendo  unos resultados satisfactorios en el 70 % de  los casos tratados. El doctor Alfaro dirige la Unidad de Acúfenos e Hiperacusias siendo el único especialista de La Comunidad Aragonesa en aplicar el método TRT-TSS para el tratamiento de los ruidos molestos en el oído.